בראש הנהלת מלונות דן מכהן מנכ"ל הרשת, שמדווח לחבר המנהלים. למנכ"ל כפופים ראשי האגפים המקצועיים. בעוד ששיטת הניהול של רשת מלונות דן מתייחסת לכל מלון כמרכז עצמאי, הנמדד ביחס לתוצאות העסקיות והפיננסיות שהוא מציג, כל המלונות ברשת פועלים בהתאם לחזון וליעדים המשותפים של הרשת.